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  • 你去将你的基因组测序了吗?面临挑战的基因组数据压缩技术

    虽然很难预测基因组数据的全部未来收益,但我们已经看到了一个不可避免的挑战:所需要的存储空间几乎是难以想象的大。目前,存储基因组数据的费用仍然只是实验室总体预算的一小部分。但是这种费用正在急剧升高

    2018-09-10 10:40

  • GPU助力基因组重测序分析

    等。随着近几年基因测序成本如图 1所示不断下降,在万元内即可完成人类的全基因组测序,GPU的技术发展也带来分析成本与时间的下降,于是用于检测基因组变化的重测序技术在癌症治疗中起到了越来越重要的作用。

    2023-08-01 10:32

  • 如何同时使用Nucleus与TensorFlow解决基因组学领域的机器学习问题

    本文中阐述的两种方法均使用深度神经网络,学习将输入映射至输出的函数。神经网络由若干层线性与非线性运算构成,而这些运算会依次应用至输入。神经网络已成功应用于包括图像分类和自然语言翻译在内的多个问题领域。最近,神经网络也被用于解决基因组学问题,例如蛋白质结构预测和变异检测。

    2019-02-20 14:38

  • 基因组重测序的应用领域有哪些

    背景介绍 1.1 基因测序在癌症领域上的应用 癌症是目前人类所面临的最大敌人,其发病率随着年龄增长而升高,在人口老龄化加剧的当下,全社会的癌症负担也将愈发严峻。癌症难以治愈的原因之一是肿瘤具有强

    2023-08-01 10:29

  • 面临挑战的基因组数据压缩技术

    文本压缩器就以这种方式工作。例如,GitHub拥有一个广泛使用的单词列表,可用它来为每个单词分配数字索引。因此,要将一段文本编码为二进制,需要将每个单词替换为其数字索引——比如GitHub的列表中用数字64872代表单词“compression”(压缩)——随后再以二进制形式表示这些数字。为了压缩二进制表示,可以按单词使用频率对字典进行排序,而不是按字母表顺序,以便使更常用的单词获得更小的数字,这样它们需要编码的位数就更少。

    2018-12-12 13:42

  • 基因组测序技术 50h内诊断新生儿遗传疾病

    电子发烧友网核心提示 :美国密苏里州儿童慈爱医院的Stephen Kingsmore领衔的研究小组研发出一种更快速、更简单的方法来找出全基因序列中相关的基因突变。这一种能够快速检测DNA的设

    2012-10-09 08:52

  • 用NVIDIA Clara Parabricks v4.0大众化和加速基因组测序分析

    计算生物学领域依赖于快速、准确和易于使用的生物信息学工具。随着下一代测序( NGS )的速度越来越快、成本越来越低,数据洪流正在出现,人们对可访问、高通量、行业标准分析的需求日益增长。

    2022-10-11 14:18

  • 材料基因组方法如何促进锂电池材料研发

    “材料基因组计划”的提出,为锂电池新材料的开发提供新的思路。“材料基因组”科学研究的关键是实现材料研发的“高通量”,即并发式完成“一批”而非“一个”材料样品的。

    2018-07-11 09:57

  • 高通量测序生物信息学分析

    高通量测序技术产生的DNA序列数据长度较短,而且数据量非常巨大。分析了高通量测序环境下大数据的挑战和机遇,总结并讨论了数据压缩、宏基因组数据序列拼接、宏基因组数据序列分析方面的算法和工具等研究成果。

    2018-02-28 14:43

  • NVIDIA Parabricks v4.3.1版本的新功能

    NVIDIA Parabricks 扩大了 NVIDIA 利用深度学习解决基因组学挑战的范围,持续推动基因组学仪器的发展。NVIDIA Parabricks v4.3.1 在欧洲人类遗传学

    2024-09-10 10:22